O ciclo de estudos orientado para a obtenção do grau de Doutorado em Engenharia Eletrotécnica compreende 6 semestres (3 anos letivos), e a obtenção de 180 ECTS. O programa de Doutoramento em Automação e Instrumentação na área da Engenharia Electrónica, tem como objetivo fundamental contribuir para a criação de investigadores altamente qualificados e com competências para realizar projetos de investigação com autonomia, quer na vertente universitária quer em outros sectores de atividade económica (designadamente o sector empresarial).
Este ciclo de estudos tem como principal objetivo promover a aquisição de conhecimentos e competências de alto nível nas áreas da Automação e Instrumentação, nomeadamente os relativos a sistemas de controlo e de monitorização; eletrónica, instrumentação e plataformas de hardware de suporte; soluções de telecomunicações de apoio e sistemas de energia.
O Doutoramento em Automação e Instrumentação está divido em duas componentes, sendo o primeiro ano dedicado à componente curricular e os dois subsequentes dedicados à realização de uma tese original. Com a aprovação dos 60 ECTS obrigatórios na vertente curricular do curso, é atribuído um Diploma de Estudos Avançados na área. O curso foi reconhecido, por despacho de 08-06-2012 do Senhor Secretário de Estado do Ensino e da Administração Escolar, para efeitos de progressão na carreira dos docentes do grupo de recrutamento 540 do ensino básico, 3.º ciclo e do ensino secundário, nos termos previstos pelo artigo 54.º do Estatuto da Carreira Docente.